会社には時季変更権といって、事実上の拒否権があります。しかし、これは有休取得を拒否するものではなく、「この時季は忙しいので、他の時季に変更してくれ」というものです。退職時には変更する時季がないので、会社は拒否することはできないことになります。
　労働トラブルQ&A（有給休暇）も参考にしてください。